Năm 1654, ông được đặt làm người thừa kế ngay khi anh trai là Thiên hoàng Go-Kōmyō còn sống.

Ngày 5 tháng 3 năm 1663, Thiên hoàng Go-Sai thoái vị; ngay sau đó Thân vương Satohito chính thức lên ngôi và lấy hiệu là Thiên hoàng Reigen. Ông dùng lại niên hiệu của anh trai, lập thành niên hiệu Kanbun nguyên niên (1663–1673).

Dưới thời Reigen trị vì, Nhật Bản gánh chịu nhiều tai ương: thành thị Edo và Kyoto bị đốt cháy 2 lần (1668, 1673 và 1682), đói lớn và lũ lụt làm nhiều người dân chết[5]. Cá biệt năm 1681, đói lớn ở Kyoto lan ra nhiều vùng xung quanh làm nhiều người chết. Bên cạnh đó, chính quyền cho lập các tòa án thẩm tra ở các làng để lùng bắt và trục xuất các tín đồ Thiên Chúa giáo ra khỏi Nhật Bản.[5] Hậu quả của những tai ương đó là hàng chục cuộc nổi dậy của nhân dân chống chính quyền, lớn nhất của cuộc nổi dậy của người Ainu do Shakushain lãnh đạo (1669 - 1672)[5].

Tuy nhiên, một điểm sáng dưới thời Reigen là Phật giáo lại được phát triển mạnh hơn bao giờ hết. Cụ thể là phái Phật giáo Hokke shu giúp các tín đồ thực hành để bảo vệ sự thuần khiết của tâm hồn nhằm chống lại sự cám dỗ xung quanh.

Ngày 02 tháng 5 năm 1687, Thiên hoàng Reigen thoái vị, nhường ngôi cho con trai. Con trai ông lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Higashiyama.